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半乳糖凝集素-3在骨關(guān)節(jié)炎中作用的生物信息學(xué)分析

童也; 王宇翔; 徐海棟 蚌埠醫(yī)學(xué)院; 安徽蚌埠233000; 東部戰(zhàn)區(qū)總醫(yī)院; 江蘇南京210002
  • 骨關(guān)節(jié)炎
  • 生物信息學(xué)
  • geo數(shù)據(jù)庫

摘要:目的:利用生物信息學(xué)方法分析半乳糖凝集素-3(gal-3)在骨關(guān)節(jié)炎中的作用機制。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫中下載經(jīng)gal-3處理的骨關(guān)節(jié)炎軟骨細胞芯片,尋找芯片表達譜的差異基因并對其進行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析以及疾病富集分析。此外,利用STRING數(shù)據(jù)庫和Cytoscape軟件構(gòu)建差異基因蛋白互作網(wǎng)絡(luò),尋找網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)中的核心基因。結(jié)果:共篩選出474個差異基因,其中包含246個上調(diào)的基因與228個下調(diào)的基因。GO富集分析結(jié)果表明,差異基因主要富集的生物學(xué)過程有骨髓白細胞遷移、白細胞趨化等;主要富集的細胞組分有細胞外基質(zhì)、蛋白質(zhì)細胞外基質(zhì)等;主要富集的分子功能有細胞因子活性、趨化因子活性等。KEGG通路富集分析結(jié)果發(fā)現(xiàn),差異基因主要涉及的通路有腫瘤壞死因子信號通路、白細胞介素-17信號通路等。疾病富集分析結(jié)果提示,差異基因主要富集的疾病有關(guān)節(jié)病、肺疾病、萊姆關(guān)節(jié)炎等。差異基因蛋白互作網(wǎng)絡(luò)在Cytoscape軟件共找出10個核心基因。結(jié)論:骨關(guān)節(jié)炎軟骨細胞在gal-3作用下,可能通過上調(diào)白細胞介素-6等相關(guān)基因的表達在骨關(guān)節(jié)炎的進展中發(fā)揮重要作用。

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風(fēng)濕病與關(guān)節(jié)炎

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