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微泡菌ALW1幾丁質(zhì)酶Chi18A的克隆及信息學(xué)分析

李鶴賓; 梁梅芳; 陳仲巍; 姜澤東; 倪輝; 朱艷冰 廈門醫(yī)學(xué)院藥學(xué)系; 福建廈門361023; 集美大學(xué)食品與生物工程學(xué)院; 福建廈門361021
  • 微泡菌
  • 幾丁質(zhì)酶
  • 克隆
  • 信息學(xué)分析

摘要:以微泡菌(Microbulbifersp.)ALW1的基因組為模板,利用幾丁質(zhì)酶基因的特異性引物進行PCR擴增,然后將產(chǎn)物插入到pMD18-T載體后進行DNA序列測定,并對目的基因編碼的蛋白質(zhì)序列進行信息學(xué)分析。結(jié)果顯示,克隆的目的基因大小為1644bp,預(yù)測編碼含有547個氨基酸殘基的蛋白質(zhì)。該蛋白質(zhì)序列與其他菌株來源的幾丁質(zhì)酶序列具有70%左右的相似性,表明預(yù)測目的基因編碼幾丁質(zhì)酶。該蛋白質(zhì)具有2個幾丁質(zhì)結(jié)合結(jié)構(gòu)域和1個GH18家族酶的催化結(jié)構(gòu)域,屬于糖苷水解酶(glycoside hydrolase,GH)家族18,命名為幾丁質(zhì)酶Chi18A。模擬的三維結(jié)構(gòu)顯示,Chi18A含有(βα)8桶狀結(jié)構(gòu)。

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