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山葡萄VaCBF3基因克隆及生物信息學分析

馮連榮 遼寧省楊樹研究所; 遼寧蓋州115213
  • 山葡萄
  • cbf基因
  • 生物信息學分析

摘要:為預測山葡萄VaCBF3基因的功能,利用RT-PCR方法從低溫處理的山葡萄中克隆出抗寒轉錄因子VaCBF3基因。利用生物信息學方法對其結構域及功能進行預測,包括開放閱讀框分析、基本理化性質分析、保守結構域分析、信號肽預測、蛋白修飾位點分析、疏水性分析、系統進化分析、蛋白質二級結構及三級結構預測等。結果表明:經測序VaCBF3基因序列全長為854bp,編碼239個氨基酸,序列提交至GenBank中(登錄號為:EU672969;蛋白登錄號為:ACD45468.1)。該基因屬于AP2 superfamily家族,具有AP2保守結構域;蛋白相對分子量為25.9kDa,分子式為C1109H1754N332O364S11,原子總數為3570,理論等電點為7.1;為不穩定親水蛋白,不含信號肽;共計43個磷酸化位點,1個N-糖基化位點,39個O-糖基化位點;二級結構中α-螺旋占25.94%,β-轉角占4.60%,不規則卷曲鏈56.07%,延伸鏈占13.39%;三級結構含有1個α-螺旋和3個β-折疊。系統發育樹分析表明,VaCBF3蛋白與Vitisamurensis聚為一支,親緣關系最近,與V.vinifera、V.riparia親緣關系較遠。

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遼寧林業科技

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