中國協和醫科大學出版社由中國醫學科學院（北京協和醫學院）主辦，通過搭建高水平的學術研究平臺，承接國家重點出版工程《中華醫學百科全書》，召集全國各領域頂級專家，合力編研，鑄煉出版精品。此外，中國醫學科學院健康科普研究中心由出版社管理運營，研究健康科普手段及標準，推廣健康科普知識，服務于我國政府和廣大群眾，為規范我國健康科普市場、推動我國健康科普發展、提高人民群眾的科學意識和健康水平提供助力。

中國協和醫科大學出版社傾力打造的《國家執業醫師資格考試》系列圖書、如《醫學生考試中常見錯誤與對策系列叢書》、《職稱考試復習題系列》、《全國鄉鎮衛生院衛技人員培訓》系列、《專科醫師培訓》系列等為廣大醫務人員掌握職業技能、獲取職業資格起到了獨有的作用，品牌既樹，口碑相傳。供醫事管理部門制訂政策參考的《國家衛生服務調查報告》系列、《中國公共衛生》系列、《中國人群死亡及其危險因素流行水平、趨勢和分布》、《中國衛生統計年鑒》系列、《中國醫藥衛生科技發展報告》系列等提供了我國醫療領域重要數據。

出版社成立以來，共出版1300余種，重印率在80%以上，獲部委以上的圖書獎占出版圖書的10%，重點圖書占出版圖書的2%。出版社多次榮獲高校優秀出版社、全國良好出版社、衛生部“杰出科技著作突出貢獻出版社”稱號。并獲得中國圖書一等獎、國家圖書一等獎和中國人口文化獎。